出品する商品は良く点検してから、不備があるかないかを確認し、不備がある場合はきちんと説明することが必要となります。入札者は不備がないことを前提に入札していますので、この場合、不備を説明しなかった出品者に責任があります。

出品者が軽微な不備で落札価格に大きく影響を与えないだろうと思っても、落札者にとっては大きな不備と考えるかもしれません。ただ、だからと言って必ずしも値引きをしなくてはならないものでもありません。客観的に見て値引きをするような次元の不備でないかもしれませんし。

具体的には、出品者が自分に大きな落ち度がありると思うなら、早期終了して相手の値引きに応じることです。

落ち度があっても、値引きしたくない場合や値引きするまでの不備ではないと思うなら、一旦入札者の入札を取り消して、再入札を促すようにしたら良いと思います。
この場合、オークション自体を途中で取り消すのではないので手数料は無駄にはなりませんし、特別な設定をしなければ取り消された入札者も再びオークションに参加できます。